En el transcurso del tiempo, el intenso uso y su posterior abandono de las edificaciones han sufrido modificaciones y transformaciones formales y constructivas con adecuaciones parciales internas y externas que afectan a la estructura original y generan deterioro del bien patrimonial; por lo cual se realizó la identificación de los estratos de las edificaciones sus características y transformaciones generando criterios para las intervenciones de las edificaciones y sus conjuntos.
La estación de San Antonio tiene una configuración lineal en donde los espacios se distribuyen de la siguiente manera: espera y bodega, boletería, encomienda, oficina y vivienda; el área de la estación es de 134.36 m2, y se encuentra construida en un sistema mixto de piedra y adobe, cubierta por cerchas de madera con techumbre de teja.

La propuesta de intervención de los espacios interiores y adjuntos a la estación de ferrocarriles de San Antonio se enmarca en los términos de rehabilitación que toma como premisa la conservación y potencialización de características originales de la edificación eliminando elementos añadidos que degraden a la misma. Se propuso el alargamiento cubierto del andén para mayor comodidad y holgura de los pasajeros que visitarán la estación.
En las elevaciones de la edificación se propone la recuperación de la piedra tanto en zócalos como en marcos de vanos para debelar las características originales de la Estación, para las ventanas y puertas se propone la intervención en los elementos de madera que sean parte integral de la estación.